El poble de Vilajoan es troba a la vora de la riba esquerra del Fluvià, al sud-oest de Garrigàs i a 1 km a migdia del poblet d’Ermedàs amb el qual al segle XIX havia format un municipi independent.
Els masos i cases de Vilajoan s’agrupen, sense ordre, en terreny planer, entre l’església parroquial, emplaçada a l’extrem de tramuntana del poblat i el castell, que s’alça uns 300 m del temple, vers migdia.
El 1119 en el testament d’Ermessenda, vescomtessa de Bas, s’esmenta l’alou de Villa Joahannis. A la làpida sepulcral, de l’any 1270, que es pot veure en el mur de migdia de l’església, el nom del lloc s’escriu Villa Johanne. Els anys 1279 i 1280 trobem esmentada l’ecclesia de Villa Iohannis. El 1316 es fa referència a Villa Johane i, en els nomenclàtors de la diòcesi del segle XIV, a l’Ecclesia parrochialis de Villa Iohanne o bé sancte Marie de Villaiohanne.
L’etimologia del topònim és ben clara: del nom de persona Joan (vila d’en Joan).